Хоча система розроблена для функціонування в режимі on-line, дані від територіальних виборчих комісій надходили з великою затримкою.

Проблема була не тільки в тім, що між відправленням інформації з тервиборчкомів і її надходження на центральний сервер ЦВК проходили години, але й у тому, що дані надходили нерівномірно.

У першу чергу ЦВК одержував результати з тих округів, де переміг Віктор Янукович. Саме тому перші результати, оприлюднені комісією, показали величезну перевагу кандидата від влади, хоча в підсумку переможцем першого туру був визнаний Віктор Ющенко.

Опозиція заявила, що системою маніпулювала Адміністрація Президента, яка зуміла створити перевалочний сервер між тервиборчкомами і ЦВК.

У відповідь після першого туру ЦВК змінив главу свого комп'ютерного управління і звернувся до Служби безпеки України з проханням допомогти захистити систему.

Зважаючи на все, це не допомогло. От що розповіла кореспонденту журналістської ініціативи «Правда переможе» Галина Мандрусова, директор компанії «Проком», що з 1994 року працює з ЦВК і розробила чинну версію системи «Вибори Президента України»:

Наскільки добре система була підготовлена до другого туру?
-- 19 листопада комісія офіційно прийняла систему в промислову експлуатацію. Після проблем у першому турі були змінені всі коди, усі паролі. Усі перевірки були проведені. Після цього все керування системою здійснювали співробітники комп'ютерного управління в ЦВК.

Що зробила СБУ для захисту системи?
-- У кімнаті, де відбувалася обробка інформації, у день голосування сиділи два співробітники служби, які спостерігали за процесом.

Що вони ще зробили?
-- Наскільки я знаю — нічого. Вони просто сиділи у кімнаті.

Як поводилася система в день виборів?
-- Як і в першому турі — аномально. Інформація знову надходила з великими перервами. Інформаційні потоки були несхожі на динаміку, яку ми завжди мали до цих виборів. Дані були з затримкою і великими порціями.

Як Ви це пояснюєте?
-- У мене немає технічних пояснень

Чим могли бути викликані аномалії?
-- Хтось знову одержував дані раніше ЦВК і маніпулював ними?
Я не зможу це довести.

Чи могли бути перекручені дані, які одержав і оприлюднив ЦВК?
-- Цього я зараз не можу сказати. Це стане ясно після того, як ЦВК одержить усі протоколи від виборчих комісій і зіставить їх з даними, які видала система.

Ви говорили в день виборів співробітникам СБУ і ЦВК, що система не працює нормально?
-- Так. Співробітники СБУ відповіли, що вони не технарі і їхня задача — стежити за обстановкою. Начальник комп'ютерного управління Центрвиборчкому мовчав.